2011年前，扬子江药业集团有限公司药物研究院的临床组，完成了目前集团总部绝大多数市售中药、化药品种的临床试验。
2011年2月，集团架构调整，临床组独立出来，与北京注册人员合并成立北京海莎咨询有限公司（集团内独立的CRO公司），下设临床部、注册部、行政部。公司运营仍然依托集团总部。
2015年4月，北京海莎开始正式开始商业化独立运营。
2017年5月，移除注册业务，临床分工进一步细化，SOP和相关制度大幅度改版，新的组织架构试运营。
2018年9月，北京海莎正式变更原有组织架构，成立五大部门，公司运营趋于专业化。
2019年12月，整合集团各子公司临床团队，并入北京海莎。
2021年12月北京海莎变更组织架构，成立七大部门，新增人力资源部和商务拓展部。
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